北京中医药新药开发工程研究院是我院集临床、科研、教学为一体的重点科室之一，是北京药物研究重点实验室、临床药物研究所、国家药品临床研究基地、第三军医大学硕士研究生培养点。主要任务是新药研究与开发、新药临床试验和临床药学研究与实践（其中包括临床合理用药、临床药物监测及药品不良反应监察）。 　　研究所现有工作人员24人，学科带头人徐海峰主任。正高级职称3人，付高级职称6人，中级职称2人，其中博士1人，硕士6人，本科12人。 　　研究所现有药物研究实验室和动物实验室总面积为500平方米；设备总值380万元。

　　“十五”期间承担的课题主要有北京中医药大学指令性课题、国家新药基金项目和院课题如复方中药制剂的研制、药物经济学研究等项目。经费来源主要有指令性课题费、新药基金、风险投资基金、技术转让资金及院内课题的经费。

　　学科主要发展方向有三：1.药物透皮吸收行为的理论技术研究和经皮给药制剂的实用性研究；2.创新药物的开发研究；3.临床药学与新药的临床研究。药理科的三个发展方向均属于国内外药物研究的热点和重点。经过十余年的发展，该专科在国内已颇具规模并有一定的优势。如药物透皮吸收的研究，无论设备和技术力量已处在国内领先地位，临床合理用药在全国和北京中医药大学范围内举办学习班多期，其经验和方法在全国推广和应用。由于我院对人才引进和技术创新十分重视，所以，本专科发展后劲和发展趋势良好，“十五”后期仍能在国内占有较高的学术地位。
学科带头人徐海峰主任是北京中医药大学的新药审评专家；药理科主任、主任药师；第三军医大学硕士研究生导师、军事医学科学院博士研究生导师。从事医院药学和新药研究开发工作达33年之久。1993年荣获全国“医学百名科技之星”称号；1994年获北京中医药大学优秀科技干部称号；享受政府特殊津贴；1996年国家授予有突出贡献的中青年专家称号；1997年国家授予全国优秀科技工作者称号。1999年评为北京中医药大学药材工作先进工作者；2001年评为北京中医药大学优秀共产党员；2002年获北京中医药大学专业技术重大贡献奖。近年来获北京科技进步一等奖1项、二等奖3项、三等奖5项、四等奖3项、国家发明专利4项。

　　1998年他主持完成“百种药物透皮吸收行为的实验研究及新制剂的研制”，在国内外创造性的揭示了药物理化性质与透皮吸收行为的药剂学规律，归纳出药物透皮吸收与药物理化因素之间的3组12个数学方程。不仅丰富了药剂学的知识内涵，也对透皮吸收制剂的研究具有重要的指导意义。该成果1998年荣获北京中医药大学科技进步一等奖。2000年被国家卫生部、国家中医药管理局等联合评为中国医药科技十大新闻之一，同年获北京中医药大学重大科技成果奖。

　　“十五”期间，为了适应我军军事斗争后勤准备对医学科技提出的新要求，设立了《透皮吸收新制剂对抗战争恐惧症和预防晕动病的应用研究》项目，目的是研制治疗战时心理障碍与战场恐惧症，预防战时晕船、晕车造成战斗力损失的特需药物。2001年度批准为北京中医药大学“十五”指令性课题，并指定其为北京中医药大学首席专家。